La Fundación Otonga maneja una red de áreas protegidas en el Chocó, Andes y Amazonía del Ecuador.
En ellas se realizan actividades de investigación, educación, manejo sustentable y conservación.
Bosque Integral Otonga: 1500 hectáreas de bosque nublado en las estribaciones occidentales de los Andes Ecuador
Área protegida Otongachi: 150 hectáreas de bosque nublado en las estribaciones occidentales de los Andes Ecuador
Área protegida Otokiki: 58 hectáreas de bosque húmedo tropical en la región del Chocó del noroccidente de Ecuador
Área protegida Otoyacu: 100 hectáreas de bosque húmedo tropical en la Amazonía de Ecuador